防垃圾邮件和防病毒功能是Exchange 2003中另一个优秀的功能。Exchange 2003直接支持服务器端的垃圾邮件处理，可以使垃圾邮件在到达用户信箱之前就被过滤掉。如果用户的客户端升级到了Outlook 2003，当Outlook 2003连接Exchange 2003时，Outlook 2003还提供了一种预筛选垃圾邮件的服务，这将大大减少了垃圾邮件被传播的可能性。用户基于还可以把基于Outlook的黑名单和可接受的发件人列表与服务器集成起来，这样用户在任何一台计算机上都可以访问到这些设置，包括移动设备和OWA。
在系统默认情况下，当Outlook连接到Exchange 2003计算机时，多了一个“垃圾邮件”文件夹，当垃圾邮件被处理后，是否转移到这个文件夹取决于Exchange管理员的设置，包括在OWA中。
